En todas las catedrales españolas comienzan a surgir músicos importantes durante esta época. Dentro de la música religiosa destacan los andaluces:
- Cristóbal de Morales (1500-1553).
Compositor español. Maestro indiscutible de la música sacra polifónica, su obra es considerada una de las cumbres de la polifonía española renacentista.

Recibió educación musical de Pedro Fernández de Castilleja, maestro de capilla de la catedral de Sevilla. Consiguió un perfecto conocimiento en las artes liberales del trivium y el quadrivium; la lectura, en algunas de sus composiciones, de dedicatorias escritas en latín sorprende por la maestría del estilo y la perspicaz asimilación de la prosa ciceroniana. En 1526 fue nombrado maestro de capilla en la más antigua catedral de España, la de Ávila. Los documentos de los archivos vaticanos conservan su recuerdo. a partir de 1535, como cantor en Roma, en el coro papal.
Los trabajos musicales de Cristóbal de Morales dan a menudo voz musical a notables acontecimientos de su tiempo: así, la cantata Iubilemus omnis terra, que alcanzó amplia y duradera popularidad, fue escrita para celebrar la tregua de Niza entre Francia y España, obtenida por el papa Paulo III en 1538; los mismo puede aplicarse a la cantata Gaude et laetare Ferrariensis civitas, ejecutada en la catedral de Ferrara en ocasión del cardenalato de Hipólito II de Este en 1539.
Sus obras alcanzaron inmediata y amplia difusión en Francia, en Alemania y en Italia, especialmente en Venecia. En 1545 fue nombrado maestro de capilla de la catedral de Toledo; en 1551, de la de Málaga, en la que permanecería hasta su muerte. Para subrayar que la fama de Cristóbal de Morales conoció una amplitud vastísima para aquel tiempo se cuenta que su música fue conocida también en Nueva España.
Rabelais y Cervantes, contemporáneos suyos, de genio espiritual completamente distinto, ponderan el renombre de este compositor, a quien se puede colocar entre Joaquín des Près y Palestrina. De él se recuerdan dos libros de motetes a cuatro voces; un libro de motetes a cinco voces; un libro de misas; lamentaciones a cuatro, cinco y seis voces; otros numerosos fragmentos litúrgicos y una sola composición de carácter profano, el madrigal Dime sí o no, con texto italiano.
La sencillez del contrapunto (que los contemporáneos elogiaron por la inteligibilidad que daba a las palabras aún inmersas en la estructura polifónica), la austera expresión "sentimental" (como fue definida por Ambros), el sentido dramático de un misticismo religioso, muy distinto de la serena religiosidad de Palestrina, son los rasgos especiales que distinguen la personalidad de Cristóbal de Morales en el gran panorama de la cultura polifónica europea del siglo XVI.
- Francisco Guerrero (1528-1599)
Guerrero comenzó a estudiar música en la infancia con su hermano Pedro. Fue niño cantor de la catedral de
Sevilla y allí recibió las enseñanzas del maestro de capilla Pedro Fernández de Castilleja. Más tarde, entre 1545 y 1546, tuvo oportunidad de estudiar en Toledo con Cristóbal Morales, al que admiraba enormemente.
En 1546 fue elegido maestro de capilla en la Catedral de Jaén. Dos años más tarde fue despedido por no prestar la suficiente atención a los niños cantores, pero enseguida fue readmitido y permaneció en el puesto hasta 1549, año en que fue nombrado segundo maestro de la Catedral de Sevilla.
Guerrero no estaba conforme con la precariedad del puesto que tenía en la catedral hispalense, por ello decidió presentarse a oposiciones para ser maestro de capilla en Málaga. En 1554 sucedió a su difunto maestro Cristóbal de Morales en la citada catedral, pero ese mismo año regresó a Sevilla, ya que el Cabildo de la ciudad le ofreció un cargo de mayor estabilidad en la catedral. Como parte de su trabajo, Guerrero había de ocuparse de los seises además de componer obras para las celebraciones religiosas.
La incorporación a su cargo en Sevilla no le impidió realizar diversos viajes a diferentes ciudades como Madrid, donde se entrevistaría con el rey Felipe II; a Lisboa, donde se encontró con Sebastián de Portugal y a Segovia con motivo de la boda de Felipe II con la princesa Ana de Austria. Pero sin duda el viaje más importante que realizó Guerrero fue su peregrinaje a Jerusalén en 1588. Fruto de este viaje fue la edición de su libro titulado El viaje de Hierusalén que hizo Francisco Guerrero, obra que constituye la principal fuente de su biografía.
Al finalizar el viaje y ya de regreso a Europa, Guerrero recaló unos días en Venecia para supervisar la edición en Italia de sus libros de música titulados Liber secundus missarum y Liber vesperarum.
Guerrero fue un personaje admirado y querido en su época, hasta su muerte ocurrida en 1599. Tanto es así que varios de sus contemporáneos escritores como Góngora o Lope de Vega le citan en sus obras. El elogio más célebre es el que le dedicó Vicente Espinel en una de sus Diversas Rimas (Madrid, 1591).
- Tomás Luis de Victoria (1548-1611)
Compositor y organista español. La música de Tomás Luis de Victoria traspasa las fronteras del Renacimiento polifónico, su equilibrio y pureza, para anunciar ya la expresividad barroca. Formado en su ciudad natal como niño de coro, en 1565 fue a Roma para perfeccionar sus conocimientos musicales y prepararse para el sacerdocio.
En la capital pontificia ingresó en el Collegium Germanicum, fundado por los jesuitas, donde pudo recibir algunas lecciones de Palestrina, músico cuya influencia se dejará sentir en sus primeras composiciones. En 1575 recibió la ordenación sacerdotal, y tres años más tarde ingresó en la Congregación del Oratorio fundada por san Felipe Neri, donde tuvo como compañero al cantante y también compositor español Francisco Soto de Langa.

En 1587 regresó a España, donde, bajo la protección de Felipe I, fue nombrado capellán y maestro de capilla del convento de las Descalzas Reales, al servicio de la emperatriz María, hermana del monarca. Durante los años que ocupó este cargo, Victoria compuso pocas obras: sólo dos nuevas ediciones de misas y el Officium defunctorum a seis voces, escrito en 1603 para los funerales de su regia protectora.
Comparada con la de sus contemporáneos Orlando Di Lasso y Palestrina, la producción de Victoria es reducida. Por otra parte, y al contrario que estos dos autores, sólo compuso música sacra: misas, motetes, himnos, salmos y magníficats. Sus profundas y sinceras convicciones religiosas otorgan un carácter especial a sus obras, de una gran pureza técnica, una intensa calidad dramática y una expresión apasionada que algunos autores no han dudado en comparar con la que transmiten los poemas de sus contemporáneos santa Teresa de Jesús y San Juan de la Cruz.
Además del citado Officium defunctorum, de entre sus composiciones deben destacarse las misas Ave maris stella (1576), O magnum mysterium (1592) y Laetatus sum (1600), los motetes O vos omnes y Vidi speciosam, ambos publicados en 1572, y el monumental Officium hebdomadae sanctae (1585), destinado a la Semana Santa.